Yuka, Rinko, Saki, dan Natsumi adalah teman masa kecil dan teman sekelas yang mendekati akhir tahun kedua sekolah menengah mereka dan dengan penuh semangat menunggu liburan musim panas mereka. Sayangnya, ini adalah waktu yang pahit untuk kelompok yang akrab ini, karena Saki pindah ke sekolah lain.
Gadis-gadis itu bertekad untuk menjaga semangat persahabatan mereka tetap hidup, meskipun hanya untuk musim panas ini. Mereka mengenang sebuah batu besar yang mereka kunjungi, bersembunyi di sebuah kuil Shinto tua, dan keyakinan bahwa jika empat teman berkumpul di sekitarnya dan membuat satu permintaan, itu akan menjadi kenyataan. Sekarang, sangat mengejutkan mereka, mereka menemukan bahwa cerita rakyat lama itu benar.
Natsu-iro Kiseki mengikuti acara ajaib yang dilalui gadis-gadis selama musim panas terakhir ini yang mereka semua habiskan bersama. Saat persahabatan diuji, dan fantasi terpenuhi, keempat teman sekelas akan belajar banyak tentang diri mereka sendiri dan satu sama lain di jalan untuk menempa musim panas yang mereka tidak akan pernah lupa.